引物设计软件primer_一文搞懂引物设计

引物设计原则

作为一个科研狗，日常实验中经常会遇到引物设计，毫无疑问，一对好的引物对实验结果很重要。在设计引物前，我们首先了解一下引物设计的原则，总结为以下7点：

1. 要设计引物首先要找到DNA 序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构，就要避开它。

2. 引物长度一般在15～30碱基之间，因为过长会导致其延伸温度大于 74℃，不适于 TaqDNA 聚合酶进行反应。同时，G＋C 含量在40％～60％之间，过高或过低都不利于引发反应，而且两条引物之间GC含量不能相差过大。

3. 为了避免引物形成二级结构以及引物之间形成二聚体，引物自身不能有连续4个碱基的互补。引物之间不能有连续4个碱基的互补。

4. 引物 3’端的末位碱基对 Taq 酶的 DNA 合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A 的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基A。

5. 引物的延伸是从3′端开始的，不能进行任何修饰。3′端也不能有形成任何二级结构的可能以免影响扩增。不过引物的5′端可以修饰。

6. 引物所对应模板位置序列的Tm值在55℃～80℃之间。Tm 值的计算有多种方法，如按公式Tm＝4(G+C)＋2(A+T)。

全体整数的加法构成一个群：

最常见的群之一是整数集，它由以下数组成：

..., −4, −3, −2, −1, 0, 1, 2, 3, 4,...

下列整数加法的性质，可以作为抽象的群公理的模型。

对于任何两个整数a和b，它们的和a+b也是整数。换句话说，在任何时候，把两个整数相加都能得出整数的结果。这个性质叫做在加法下封闭。

对于任何整数a,b和c，(a+b) +c=a+（b+c）。用话语来表达，先把a加到b，然后把它们的和加到c，所得到的结果与把a加到b与c的和是相等的。这个性质叫做结合律。

如果a是任何整数，那么0 +a=a+ 0 =a。零叫做加法的单位元，因为把它加到任何整数都得到相同的整数。

对于任何整数a，存在另一个整数b使得a+b=b+a= 0。整数b叫做整数a的逆元，记为−a。

全体非零实数的乘法构成一个群

对三个互不相同的有序对象的6种不同顺序间的改变（包括不变的情况）构成一个六阶的群（这是一个有限的置换群的例子），它由此被标记为S3